Við FSH hefur frá vori 2002 verið starfshópur sem annast hefur innra mat á skólastarfinu.
Frá árinu 2002 - 2008 var unnið með Framhald-Skólarýni sem er sjálfsmatslíkan fyrir framhaldsskóla eftir Benedikt Sigurðarson. Einnig var forritið Kanni notaður við kennslukannanir og niðurstöður stefnumótunarvinnu starfsmanna FSH síðustu tveggja skólaára. Í október 2004 gaf matshópurinn út sjálfsmatsskýrslu og í framhaldi af því fór hann sérstaklega yfir þau atriði sem nefnd voru í úrbótum og forgangsraðaði þeim.
Í febrúar 2009 gaf matshópurinn út skýrslu með niðurstöðum úr innra mati skólans á tímabilinu 2003 til vorsins 2008.
Frá hausti 2008 hefur matshópurinn starfað skv. þriggja ára áætlun og þannig leitast við að leggja formlegt mat á sem flesta þætti í starfi skólans með reglulegu millibili. Í lok hvers skólaárs gefur hópurinn út skýrslu með niðurstöðum matssins, á grundvelli þeirra gerir hópurinn tillögur að umbótum. Matsverkefni taka mið af þeim markmiðum og árangursviðmiðum sem skólinn hefur sett sér.
Í starfshópi um innra mat eru Gunnar Baldursson, Rakel Dögg Hafliðadóttir og Smári Sigurðsson.